Obsługa środowiska graficznego nie powinna nastręczać wielkich trudności początkującym użytkownikom. Co innego jego włączenie, no ale... zakładając, że korzystamy z dystrybucji dla początkujących, wszystko mamy skonfigurowane outofthebox. Dobrze to czy źle, zależy. Często jest tak, że modyfikacje dystrybutora przyspieszają system i czynią pracę z nim wygodniejszą. Wiele rzeczy jest już skonfigurowanych i użytkownik nie musi się na tym już znać. Jeszcze więcej rzeczy jest jednak spowolnionych, zmodyfikowanych tak, że działają niestandardowo czy wreszcie wiele jest rzeczy w ogóle niedziałających, choć domyślnie od twórcy programu (tzw. upstream) kompilacje działają zupełnie poprawnie. Wszystko zależy od dystrybutora i od tego, co chcemy osiągnąć. Jeśli zainstalujemy Ubuntu, możemy liczyć na w miarę szybką pracę, własne środowisko graficzne Unity (choć to bardziej zasługuje na miano menedżera okien) oraz tysiące modyfikacji. Konqueror w Ubuntu nie przypomina Konquerora, jest to jakieś wykastrowane coś, prawdopodobnie do przeglądania stron internetowych. Niestety od czasu KDE 4 Konqueror nie nadaje się już nawet do tego, skoro to Dolphin przejął funkcjonalność menedżera plików. Modyfikacje dystrybutora przez użytkowników zaawansowanych są zwykle niemile widziane i ci nie instalują dystrybucji dla początkujących.
